[TAX 가이드] 지난해 베낀 연구개발 논문으로 탈세한 기업들 무더기 적발

#재활의학 병원인 A 기업은 연구개발(R&D) 활동에 지출한 연구원의 인건비 수천만원으로 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다. 그러나 과세당국이 연구 증거 서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, 연구개발 활동없이 다른 사람의 논문을 인용하거나 재활치료 사진을 모방하는 등 방식으로 R&D 활동을 가장한 것으로 나타났다. 또 사후 관리 과정에서는 컨설팅 업체를 끼고 기업의 연구 노트 등 연구 증거서류 등을 대리 작성 받은 정황도 포착됐다.

#교육서비스업을 하는 B사는 연구원 인건비 수천만 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다. 그런데 국세청이 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, B사가 수행한 활동은 일반적인 업무활동으로 세법상 연구개발이 아니었다. 조사 결과, 기획·홍보·교육운영 등을 하는 강사 및 일반직원을 연구원으로 허위등록한 사실이 드러났다. 

과세당국이 기업의 연구·인력개발 투자를 촉진해 대외경쟁력을 높이도록 도입한 R&D 세액공제 제도를 악용했다가 적발되는 기업이 늘고 있다.  

27일 국세청에 따르면 지난해 R&D 세액공제에 대한 사후검증을 벌여 부당공제 받은 기업 864곳을 적발하고 270억원을 추징했다. 

추징세액은 전년보다 126억원(87.5%) 증가한 수준이다. 추징 규모 2021년 27억원에서 2022년 64억원, 2023년 144억원 등으로 느는 추세다. 2021년보다 규모가 10배 늘었다.

정부가 그동안 기업들의 연구개발 활동을 장려하기 위해 R&D 세액공제를 점점 더 확대했으나 일부 기업들은 이같은 R&D 세액공제를 노리고 다양한 방법으로 탈세를 시도했다.

대표적인 사례가 다른 사람 논문을 도용해 자료를 제출한 뒤 연구개발을 해왔다고 가장한 경우다. 특히 컨설팅 업체가 연구 증거서류와 해명자료를 대신 작성해주는 사례가 많았다. 또 일반 직원을 연구원으로 허위 등록해 세액공제를 신청하는 경우도 적발됐다.

일반 연구개발보다 공제율이 높은 신성장·원천기술, 국가전략기술로 과다 세액공제를 받은 69곳에 62억원을 추징했다.

국세청 검증 결과 과학기술정보통신부 등 관계부처로부터 연구소를 인정받지 않았거나 연구소 인정이 취소된 상태인 기업 178곳도 드러나 30억원을 추징했다.

허위연구소를 만들어 세액공제를 받은 경우도 있었다. 국세청이 이들 기업으로부터 해명자료를 받은 결과, 연구소 인정기관인 한국산업기술협회에서 통지한 자료와 다른 자료를 낸 것으로 드러났다.

아울러 연구개발 등을 목적으로 국가, 지방자치단체 등으로부터 지급받아 지출한 연구개발출연금을 세액공제 신청때 제외하지 않고 과다공제 받은 48곳에 대해 15억 원을 추징했다.

국세청은 악의적 부당 공제에 엄정 대응하는 한편 복잡하고 까다로운 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 미리 따져주는 사전심사 제도도 운용하고 있다.

사전심사를 받고자 하는 기업은 홈택스, 우편, 방문 접수로 연중 신청하면 된다. 법인세(소득세) 신고 기한 전까지 통지받은 심사 결과는 신고에 즉시 반영할 수 있다.

지난해 사전심사 신청 건수는 모두 2천504건으로 집계됐다. 전년보다 64건(2.6%) 증가했다.

국세청 관계자는 “올해는 사전심사 우선 처리 대상에 밸류업 표창 중소기업, 국가전략기술 심사 신청 기업을 추가할 예정”이라고 말했다.